A UC de MCII aborda os principais grupos taxonómicos bacterianos responsáveis por patologia infeciosa no Homem, e as várias metodologias e procedimentos laboratoriais de diagnóstico para identificação de agentes provenientes de diferentes produtos clínicos.  Tem por objetivo identificar as características principais dos diferentes grupos de bactérias e patologias infeciosas associadas; conhecer e compreender os mecanismos de variabilidade genética e a interação microrganismo-hospedeiro; estabelecer o diagnóstico clinico-laboratorial adequado; processar produtos biológicos e interpretar metodologias de identificação bacteriana e suscetibilidade aos antibióticos.